Если в логах сайта возникает ошибка mod_fcgid: read data timeout in 40 seconds, то это значит что апач через mod_fcgid передал некие данные php-скрипту на обработку, подождал 40 секунд и не получив ответа в этот срок возвратил ошибку (для посетителя она выглядит как 504).

Способы решения проблемы:

Способ первый — уменьшить время работы проблемного скрипта.

При аплоаде файла получаем ошибку ERROR 500 — Internal Server Error!

В логах пишет

mod_fcgid: HTTP request length 15730950 (so far) exceeds MaxRequestLen (15728640)