Если на почту прилетает ошибка awstats:

/usr/share/awstats/tools/update.sh: 22: cd: can't cd to /etc/awstats

нужно удалить файл:

/etc/cron.d/awstats

вся ротация логов и подсчет статистики выполняется при запуске /usr/local/ispmgr/sbin/rotate (через cron root), конфиг его лежит здесь: /usr/local/ispmgr/etc/rotate.conf